档案编号是对分类排列后的档案编制档号。档号是在档案整理过程中赋予的一组数字、字符的集合，能够反映档案的基本属性，指示档案在全宗中的位置。
以件为单位整理档案，按照年度—机构（问题）—保管期限进行分类的，其档号结构为：全宗号—档案门类代码·年度—机构（问题）—保管期限—件号。
比如，Z109全宗文书类2019年档案办公室第1件、Z109全宗照片类2019年档案第1专题第1件，按照规则确定的档号为：Z109—WS·2019—Y—BGS—0001、Z109—ZP·2019—Y—001—0001。采用“年度—保管期限”进行分类的，其档号结构为：全宗号—档案门类代码·年度—保管期限—件号。前例档案，去掉机构（问题）分类要求，按照本规则确定的档号为：Z109—WS·2019—Y—0001、Z109—ZP·2019—Y—0001。
以卷为单位整理的档案，其档号结构为：全宗号—目录号（类别号、项目号）—案卷号—件、页（张）号，比如，Z109全宗科技档案科研项目第1项第1卷第3件、Z109全宗会计档案2019年度第15卷第21件，按照本规则确定的档号为：Z109—KJ·KY01—001—0003、Z109—KU·2019—015—0021。