工程实行预付款的，合同双方应根据合同通用条款及价款结算办法的有关规定，在合同专用条款中约定并履行。
承包人应在签订合同或向发包人提供与预付款等额的预付款保函后向发包人提交预付款支付申请，发包人应在收到支付申请的7天内进行核实后向承包人发出预付款支付证书，并在签发支付证书后的7天内向承包人支付预付款。
它是施工准备和所需材料、结构件等流动资金的主要来源，国内习惯上又称为预付备料款。
工程预付款的扣回：
起扣点T=P-M/N， P为承包合同总合同额 M为工程预付款数额 N为主要材料和构件所占总价款的比重
在凭保函交付货物的情况下，收货人保证在收到提单后立即向船公司交回全套正本提单，承担应由收货人支付的运费及其他费用的责任，对因未提交提单而提取货物所产生的一切损失均承担责任，并表明对于保证内容由银行与收货人一起负连带责任。凭保函签发提单则使得托运人能以清洁提单、已装船提单顺利地结汇。关于保函的法律效力，海牙规则和维斯比规则都没有作出规定，考虑到保函在海运业务中的实际意义和保护无辜的第三方的需要，汉堡规则次就保函的效力问题作出了明确的规定，保函是承运人与托运人之间的协议，不得对抗第三方，承运人与托运人之间的保函，只是在无欺骗第三方意图时才有效；如发现有意欺骗第三方，则承运人在赔偿第三方时不得享受责任限制，且保函也无效。
预付款保函
又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。
投标保函
是指投标人（申请人）作出保证，在投标人报价的有效期内，投标人将遵守其诺言，不撤标、不改标，不更改原报价条件，并且在其一旦中标后，将按照招标文件的规定及投标人在报价中的承诺，在一定时间内与招标人签订合同，如投标人违约，银行将在担保额度的范围内向招标人支付约定金额的款项。该金额数通常为投标人报价总额的1%-5%不等。