医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
重点学科
国家重点学科（8个）：老年医学、耳鼻咽喉科学 、内科学（呼吸系病）、外科学（）、外科学（骨外科）、内科学（肾病）、外科学（普外）、传统中医学（中西医结合老年病）。
军队重点学科（1个）：骨科
北京市重点学科（2个）：内科学、外科学
总后“530工程”重点学科（2个）：野战内科学、野战外科学
硕博士学位
博士学位一级学科（5个）：临床医学、基础医学、口腔医学、中西医结合、护理学
硕士学位一级学科（8个）：临床医学、基础医学、口腔医学、中西医结合、公共卫生与预防医学、药学、中医学、护理学
博士后流动站（5个）：临床医学、口腔医学、中西医结合、基础医学、护理学
科研成果
据医院官网2015年12月信息显示：医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。
2009年全院承担各级别科研课题740余项，在研经费3.1亿元。近5年获国家科技进步奖12项（一等奖2项，二等奖10项），获北京市科学技术奖21项（一等奖4项，二等奖13项，三等奖4项），获军队奖172项（科技进步奖52项，医疗成果奖120项）。2008年国内论文总数在全国医疗机构中排名（3056篇），中国国内论文被引次数在全国医疗机构中排名（10214次），MEDLINE收录论文数在全国医疗机构中排名第二（307篇），SCI收录论文数在全国医疗机构中排名第十一（122篇）。
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