化粪池主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
过粪管位置
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。附有关平面图。
作业标准
1、化粪池内清理的粪便污水、污渍清运并妥善处理。
2、确保服务范围内所有化粪池粪便污水不外溢。
3、如出现化粪池污水外溢等异常情况，接到通知后须在8小时内到达处理。
4、在清理化粪池的过程中，应当采取相应的防范措施。
清理要求
（1）粪便转运站(场、码头)设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆设施。
（2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
（3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
（4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
（5） 将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
（6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
（7）粪便转运站(场、码头)应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。