企业（或其他组织）如果想要获得ISO14001证书，首先需要建立起环境管理体系（必要时可寻求咨询机构的帮助），在这个体系运行3个月之后，向第三方认证机构申请认证，认证机构按照公正、合理、规范的原则，对其建立起的环境管理体系进行审核，如果合格，认证机构将发给证书，如果不合格，认证机构将开出不符合项，企业进行纠正，然后企业进行跟踪审核，如果合格就颁发证书。中国已有数十家环境管理体系认证机构，企业在选择认证机构时可以综合考虑这些认证机构的认证水平、认证人员的业务能力、认证机构的信誉和可能为组织带来的增值效应以及认证费用等因素，然后选择合适的认证机构。
不符合纠正与跟踪验正
纠正措施的跟踪验证可以通过评审受审核方递交的有关证据完成，必要时，也可以实施现场跟踪验证。因存在严重不符合项而未能通过现场审核时，应在被审核方完成整改后进行现场复查。复查工作按实际工作量另行收费。
核准发证
中心技术委员会审议审核实施过程和审核报告并确定是否予以颁证。
由中心主任签署认证证书，证书有效期为三年。中心将在公告范围内公告证书的颁布。
证后监督
次证书有效期内，每半年监查一次，三年期满换证后每年监查一次，持证方的组织机构、生产工艺、污染物治理设施和其他覆盖环境因素的行为或活动发生变化时，应及时通知本中心，必要时，将增加监查次数。对于违反环境法律、法规造成严重危害的，将增加检查次数。
认证撤消的条件
有下列情况之一的，本中心将撤销认证证书的资格，收回认证证书：
暂停认证资格的通知发出后，认证证书持有者未按规定要求采取适当纠正措施；违反环境法律、法规，造成严重环境危害；监督和复评时发现认证证书持有者环境管理体系存在严重不符合规定要求的情况，又未按照中心规定的期限完成纠正措施；认证证书持有者对证书和标志的使用严重不符合中心的规定，并造成极大影响。